综合计算工时制考勤的合法性需依据《工资支付暂行规定》等法规，以下结合具体条款分析：
根据《工资支付暂行规定》第十三条，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并按不低于劳动合同规定的小时工资标准的150%支付工资；法定休假日安排工作的，按300%支付。企业进行综合计算工时制考勤时，需先确认已取得行政部门审批，再以审批的周期统计工时，超出法定标准的部分需依法支付加班工资，此为考勤操作的核心法律依据。
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综合计算工时制考勤可能存在以下法律风险：
1. 加班工资支付不足风险：例如，某企业以季度为周期实行综合工时制，季度总工时超出法定标准100小时，但仅按100%支付工资，员工可申请劳动仲裁要求补足50%的加班工资差额；
2. 考勤记录举证不能风险：某员工主张加班20小时，但企业未保留其签字的考勤记录，仲裁机构可能采信员工主张，判决企业支付加班工资。
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综合计算工时制考勤中常见错误操作可能导致法律风险，以下为具体情形：
1. 未取得审批擅自实行：企业未向劳动行政部门申请并取得综合工时制审批，直接按综合工时统计考勤，可能被认定为违法，需按标准工时制支付加班工资；
2. 周期内工时统计错误：如将法定节假日工时计入综合计算周期，导致总工时被低估，未足额支付加班工资；
3. 未保留考勤记录：企业未留存员工签字确认的考勤记录，员工主张加班工资时无法举证，需承担举证不能的不利后果。
若您发现企业存在上述错误操作，建议及时咨询律师，避免权益受损。
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综合计算工时制考勤的特殊情况会影响处理结果，以下为具体情形：
1. 经审批的特殊行业周期调整：如建筑行业因项目周期长，经审批以年为周期计算工时，若员工年度总工时未超法定标准，即使某季度超时也无需支付加班工资；
2. 员工自愿加班且未超出周期工时：若员工因个人原因自愿延长工作时间，且周期总工时未超法定标准，企业无需支付加班工资，但需保留员工自愿加班的书面确认；
3. 法定节假日加班的例外：无论综合工时周期内总工时是否超标，法定节假日安排员工工作的，均需按300%支付加班工资，不可用补休替代。

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